Sin otro camino, logró entrar en la lista de regidores plurinominales del candidato panista a la alcaldía, Heberto Brown. La elección del 2012 la ganó Ana Martha Escalante por 35% de preferencias.
Faltaba menos de dos horas para que tomara protesta el Cabildo (2012-2015) cuando el Tribunal Electoral de Jalapa, Veracruz, validó la impugnación del Comité Directivo Municipal del PAN por una regiduría. Fernández convenció al presidente municipal, José Inurreta de impugnar la distribución de las posiciones, Inurreta accedió y Eliseo pudo tomar protesta, donde mantuvo en un perfil bajo como regidor. ¿Qué sucedió después? Poco se sabe, se rompió un acuerdo, pero Inurreta y Eliseo durante tres años estuvieron enfrentados con acusaciones mutuas. Durante ese tiempo, el regidor no buscó alianzas internas, alejado del partido, al que veía y ve, como plataforma política.
No tuvo mayores problemas para buscar la candidatura a la diputación local II distrito, convenció a Gabriel Jesús Guerra, hijo de una líder de colonia, para que lo ayudara a cambio de inscribirlo como su suplente.
Eliseo no hubiese ganado el distrito sin una fracción del PRI que apoyó su candidatura en el 2015. Si bien parte del aparato priista operó en su contra, no fue todo. Eliseo y Gabriel, su suplente, desde el 2016, tienen un enfrentamiento abierto y público. Hoy se niega a pedir licencia para que Gabriel lo supla en el Congreso.
Desde que Fernández ganó la diputación del II Distrito ha sido el centro de debates y especulaciones por sus pocas cercanías al interior del PAN, y las extensas relaciones al interior del PRI. “Yo tengo agenda propia”, dijo a pocos días de tomar protesta, tras ser cuestionados sobre dónde estaban sus afectos. Que los tenía.
En octubre del 2015 inauguró una Farmacia Comunitaria en el andador Jalisco #79 en Fidel Velázquez. Eliseo había acompañado al gobernador entrante, Alejandro Moreno, el 16 de septiembre en el arranque del programa de fumigación en el II Distrito. A la inauguración de farmacia asistió como invitado especial el entonces jefe de la oficina del gobernador, Claudio Cetina.
Claudio y Eliseo eran amigos desde que estudiaban en la Anáhuac Mayab. Compartieron casa en Mérida en Buenavista #48, en los años 90. La relación había perdurado.
Muchas veces el propio Cetina fue el enlace entre Eliseo y ambas alas del cuarto piso, donde despacha el gobernador y en la otra, donde está la oficina del Secretario de Gobierno.
Desde el Congreso Eliseo se propuso “hacer las cosas diferentes”, sustituyó la labor del Ayuntamiento, en muchas ocasiones ausente y se lo permitieron, haciendo gestión, durante tres años, donde no había llegado la autoridad municipal.
Comió con los vecinos, les alcanzó agua potable, tapó baches, se peleó con otros y avanzó. Avanzó sin construir nada al interior de su partido.
Pidió que no hubiera elección interna para la candidatura a la alcaldía de Campeche, preocupado de que la militancia le diera la espalda.
Eliseo llega a la contienda con su espejo como su peor enemigo, desconfiando de todos, con una estructura debilitada a la que ordena hasta cuando puede respirar.