Osiel Cárdenas Guillén, el líder del Cártel del Golfo, en 1999 reclutó a Los Zetas, en su origen un grupo de exmilitares, como brazo armado de la organización. En 1994 desertó del ejército su líder fundador, Heriberto Lazcano Lazcano (El Lazca), quien se formó en el Grupo Aeromóvil de Fuerzas Especiales (GAFE).
El Lazca, desde el origen del grupo, compartió el liderazgo con otro exmilitar, Miguel Treviño Morales (Z-40). En 2007 Cárdenas Guillén, preso desde 2003, fue extraditado a Estados Unidos y en ese momento Los Zetas rompen con el cártel que les dio cobijo, para constituir una fuerza propia que empieza a actuar en 2008.
A partir de ahí inician su expansión, en disputa abierta por el territorio con los otros cárteles, con niveles de violencia que nunca antes se habían utilizado. Al arranque de su negocio, que tiene como centro el traslado de cocaína a Estados Unidos, se añaden el secuestro, la extorsión y el tráfico de indocumentados.
En febrero de 2011, Los Zetas asesinan a Jaime Jorge Zapata, agente de aduanas estadounidense y es cuando entran en el radar de los servicios de inteligencia del gobieno de Estados Unidos, que califica al grupo como de los más peligrosos del mundo. En abril del mismo año, en Tamaulipas, aparecen los cadáveres de 193 migrantes asesinados por el cártel.
Tras la muerte de El Lazca (Z-3) en marzo de 2011, a manos de la Marina Armada de México, asume la dirección del grupo Miguel Treviño Morales (Z-40), que en octubre de 2012 es abatido también por elementos de la Marina. El cadáver, de manera inexplicable, fue robado de una funeraria, pero las autoridades aseguraron que las pruebas que revelaban su identidad eran contundentes.
En ese momento entra al relevo y toma el liderazgo del cártel su hermano Óscar Omar Treviño Morales (Z-42) quien es detenido, sin violencia, el 4 de marzo de 2015 en la zona metropolitana de Monterrey por elementos del Ejército y la Policía Federal (PF). Las autoridades piensan que el mando de Los Zetas podría en Maxiley Barahona Nadales (El Contador).
De 2008 a 2011, Los Zetas vivieron una fase de expansión sostenida al enfrentar con éxito a los cárteles ya existentes, con nuevas modalidades operativas y técnicas de enfrentamiento caracterizadas por un tipo de violencia que recordaba las utilizadas por el Ejército de Estados Unidos en Vietnam y s en curso de l Ejen la on mm contundentes, habñian aprendidas por éstos en cursos para fuerzas especiales, como lo señala el investigador Luis Astorga.
A partir de la segunda mitad del 2011, Los Zetas han sido sistemáticamente golpeados por las autoridades y también han perdido terreno en su disputa contra los otros cárteles. Sólo en 2011, a más de la muerte de El Lazca, son abatidos o arrestados por elementos de las fuerzas de seguridad 30 cuadros de la organización sobre todo en los estados de Coahuila, Nuevo León y Veracruz.
Las autoridades sostienen que los operativos de las distintas fuerzas de seguridad han debilitado de manera importante a las estructuras de la organización, al abatir y detener a gran número de sus integrantes, a lo que habría que añadir que también han sido golpeados por los cárteles rivales que han retomado terrenos perdidos. Después de la detención del Z-42 no está claro si el cártel se fragmenta o continúa como una sola organización. Ya veremos.